“南海I号”2007年被打捞出水，到了2013年底才正式启动发掘，但中间这6年，工作从未停止。2009年和2011年，考古人员进行了两次试发掘，探明这艘沉船的大体情况，比如被套在沉箱中间的船体是否有损坏，船舱和文物的分布如何，进而制定更加科学和的发掘方案。
沉船迁移至“水晶宫”，隔热条PA66生产设备前6年一直浸泡在海水中。当时有人提出仍应该维持海水中提取的方法，穿上潜水设备在密封水区进行发掘。但“水晶宫”内水体很小，而且不流动，在水下发掘带起的泥沙无法短时间内消散，水体能见度很差，无法实现精细化发掘。多维考量后，终采纳的方案是半干半湿的“饱水”发掘法，即放一点水发掘一定的深度。
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